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在极端环境中发现的一种新型病毒基因组表明RNA和DNA病毒无关组之间的重组

抽象的

背景

病毒是已知的地球上最丰富的生物,但对它们的共同起源和进化历史知之甚少。由于异常高的基因突变和镶嵌率,目前不可能解决深刻的进化历史的已知主要病毒群。宏基因组学为建立更全面的病毒进化视角提供了一种潜在的方法,因为大量新的序列数据可以用于比较分析。

结果

生物信息学分析显示,从一个炎热的酸性湖泊中提取的病毒宏基因组序列显示了一个环状的、推测为单链的DNA病毒,该病毒编码一种主要衣壳蛋白质,与单链RNA病毒中发现的蛋白质类似。从湖泊沉积物中提取的天然DNA进行反PCR扩增,证实了病毒全基因组的存在和环状结构。病毒基因组似乎是两个表面上不相关的病毒组之间RNA-DNA重组事件的结果。在环境序列数据库中检测了类似结构的同源基因,鉴定出3个类似的海洋环境病毒基因组。这一结果表明存在广泛但以前未发现的一组病毒。

结论

这种独特的病毒基因组对病毒出现和进化的理论具有一定的意义,因为目前还没有发现病毒间RNA-DNA重组的机制,而且只有很少的证据表明这些不同的病毒谱系之间发生了基因交换。

审稿人员

本文由EK、MK (PF提名)和AM审阅。完整的评论,请到评论员的评论部分。

背景

虽然已知病毒是地球上最丰富的生物,但人们对它们的集体进化历史、生物多样性和功能能力知之甚少[1-3.]。尽管存在许多固有的障碍物,病毒性偏心神经是对环境病毒多样性的更详细评估,并将爆炸作为研究病毒进化的重要工具[4.-7.]。也许对病毒进化研究最大的障碍是所有病毒之间没有一个共同的系统发育标记。相反,“病毒标志基因”[8.]常被用作分类学分类和进化研究的基础。然而,病毒之间的横向基因转移使这些分析复杂化,病毒分类方案也同样受到激烈的争论[9.-12.]。

已知的病毒圈由三种主要病毒类型组成;只有RNA的病毒,在复制周期中不需要DNA中间物,以DNA为基础的基因组的病毒,以及在病毒生命周期中需要将其RNA逆转录为DNA的逆转录病毒[12.]。通过多种可能的机制,病毒基因的横向交换在这些主要类型的病毒之间非常猖獗,但通常仅限于密切相关的病毒,或具有类似复制机制的病毒(和质粒)[13.-20.]。最近从RNA-only病毒类型到DNA-only病毒类型的横向基因转移(LGT)的明确例子还没有观察到。

我们报告了一组循环血症类似DNA基因组的发现,其共同的祖先似乎已纳入仅在RNA病毒中已知的衣壳蛋白(CP)基因。负责将RNA病毒Cistron集成到DNA病毒中的机制,以及它发生的进化时间点尚不清楚。同源病毒蛋白之间的相对较低水平的序列分歧表明重组事件最近发生。此外,它表明,可以通过从大众不同类型的病毒的横向交换功能和结构模块的横向交换,利用尚不清楚的机制来突出新的病毒类型。

结果和讨论

分析和概述

应用宏基因组学方法对美国拉森火山国家公园沸泉湖(BSL)病毒多样性进行了研究。BSL是一个酸性的高温湖(范围在52°C到95°C之间,pH值约为2.5),它维持着一个纯微生物生态系统古生菌、细菌还有几种单细胞生物真核生物21.22.]。

从BSL中获得的病毒大小颗粒的个体宏基因组DNA序列的初步分析表明,存在一个与霜霉病感染相关的病毒衣壳蛋白(CP)基因其macrospora -(SmV-A)和单轴霉属halstedii -甲型(PhV-A)病毒[23.24.]。SmV-A和PhV-A是不分类的线性多部分ssRNA病毒,编码类似于植物侵染的衣壳蛋白Tombusviridae24.]。然后,BSL宏基因组序列被组装成contigs和一个与环状ssDNA最接近的滚动循环复制酶蛋白(Rep)基因即圆环REP位于SSRNA病毒样CP基因的上游。

随后,利用CP开放阅读框(ORF)内的引物,采用反PCR方法从天然车贴素DNA样本中扩增出完整的环状基因组。选用未用于宏基因组测序且未被ϕ29聚合酶预扩增的天然BSL DNA模板进行反PCR,以排除样品制备或序列组装过程中存在虚假嵌合的可能性。对克隆的病毒基因组进行Sanger测序,以确认原始宏基因组序列,验证环状性,并允许ORF预测。

将CP和Rep的预测开放阅读框翻译后作为搜索查询序列,从公开的序列数据库中汇编一组相关病毒基因。利用搜索输出序列的一个子集,建立推定CP和Rep蛋白的个体系统发育。Rep和CP的推测三级蛋白结构是通过将ORF翻译到具有解结晶结构的同源蛋白上进行预测的。

结果

由于新型BSL病毒基因组遗留到SSRNA和SSDNA病毒同源,因此在本文中将被临时称为“RNA-DNA杂交病毒”,缩写为“RDHV”。虽然BSL RDHV基因组是圆形的,但基因组的尺寸大致增加了典型的循环血管病毒,并且ORFS以罕见的定向排列(图1A).BSL RDHV REP含有N-末端轧制圆形复制酶内切核酸酶(RCRE)结构域(PF02407)[25.]和c末端超家族3 RNA解旋酶(S3H)结构域(PF00910),这两种结构域都在环状病毒Reps中发现[26.]。在BSL RDHV和猪圆环病毒中均发现了Rep上游基因间区高度保守的DNA干环[27.] (数字1B.).然而,CP基因类似于小型ICOSAHELENEDRATE(+)SSRNA TOMBUSVIRUSES(PF00729)的基因。

图1
图1

BSL RDHV基因组的组织。(一种)猪圆环病毒(PCV)基因组示意图:tombusvirus是线性ssRNA病毒,BSL RDHV和PCV是环状ssDNA病毒。orf下面的条形图表示InterProScan检测到的蛋白家族。(B)PCV-1与BSL RDHV茎环的比较:BSL RDHV和循环血管术均在代表上游的代际区域中具有保守的茎环。黑色文本表示序列标识。盒装13NT环中的非核苷酸复制起源。支架指示六聚体的9个核苷酸茎重复H1和H2(灰色盒子)。

BLAST搜索和系统发育分析表明,BSL RDHV Rep与圆环病毒Rep的亲缘关系比其他病毒或质粒的亲缘关系更密切23).氨基酸序列比对表明,rcrre和S3H Rep结构域均存在明显的保守(图4.).n端rcrre结构域包含良好保守的I、II和III基序。假定的α3-螺旋包含基序III (YxxK)活性位点酪氨酸[28-31]。S3H结构域还包含保守的Walker-A、Walker-B、B '和C基序[32-35]。这些分析与基因组的圆形度和在reg的基因组的循环和循环血症的DNA茎茎环中结合,表明BSL分离物是昼夜系数状实体[26.]并暗示包装的基因组由SSDNA组成。

图2
图2.

Rep氨基酸序列的BLASTp数据。将BSL RDHV REP ORF氨基酸序列与使用BLASTP的相关REP序列进行比较。输出参数显示。如有可能,将指示病毒族名称。(GOS)全球海洋调查配对末端读取脚手架10666和6801.(PCV2)猪圆环血清血管-2,(STCV)椋鸟圆环病毒,(DFCYV)蜻蜓环豚病毒。香蕉束顶病毒(SCSV),地下三叶草特技病毒。(TPCTV)番茄伪卷曲顶部病毒,(HRCTV)辣根卷曲顶部病毒。

图3
图3.

滚动循环复制酶(Rep)和衣壳蛋白(CP)的系统发育(一种)采用Neighbor-Joining法从204个保守的氨基酸位置推断Rep蛋白的系统发育。根据1000个重复,超过60%重要阈值的引导值显示在分支旁边。NANOVIRIDAE:地下苜蓿特技病毒(SCSV)、香蕉束顶病毒(BBTV)即圆环:(DfCyV)蜻蜓圆环病毒,(BatCV)蝙蝠圆环病毒,(StCV)椋鸟圆环病毒,(PCV2)猪圆环病毒-2。(GOS)全球海洋调查配对端读脚手架6801和10666。(B)采用邻域连接法从256个保守氨基酸位置推断衣壳蛋白(CP)的系统发育。根据1000个重复,超过60%重要阈值的引导值显示在分支旁边。TOMBUSVIRIDAE: Dianthoviruses;红三叶草坏死花叶病毒(RCNMV),康乃馨环斑病毒(CRSV)。Aureusviruses:黄瓜叶斑病病毒(CLSV),波索潜伏病毒(PLV)。Tombusviruses;(AMCV)朝鲜蓟斑纹病毒,(TBSV)番茄矮丛病毒,(HaRV)哈维尔河汤伯斯病毒。非保密Tombusviridae;(PLPV)天竺葵系模式病毒。Carmoviruses;蜜瓜坏死斑病毒(MNSV)、仙人掌病毒(SgCV)、香石竹斑纹病毒(CMtV)、萝卜皱皱病毒(TCV)。venavirus;(OCSV)燕麦褪绿迟缓病毒。Nodaviridae样:(SmV-A)其macrospora病毒(PhV-A)Plasmopara halstedii.病毒-A。(GOS)全球海洋调查配对末端读取序列10665.在病毒缩写后,可用的病毒蛋白可以列出蛋白质数据库(PDB)识别码。

图4
图4.

滚动循环复制酶(Rep)氨基酸多序列比对。BSL RDHV REP ORF序列(BSL_REP_ORF)与使用PSI-BLAST搜索从NCBI检索的密切相关序列对齐。使用Clustalw设置为Mega V.5中的默认参数来执行序列对准。盒子核酸酶域图域I,II和III和Superfamily-3 Helicase域Walker是盒装和标记的P圈NTPAse(W-A P-Loop),Walker B(W-B),B'和C图案。REP核酸酶(RCRE)和超小心-3螺旋酶(S3H旋光酶)结构域由序列对准之上的嵌段箭头表示。使用JALVIEW将Clustalw Color Scheme应用于多个对齐。在比对中使用的氨基酸残基的范围显示在序列名称之后。(GOS)全球海洋测量配对末端读取脚手架10666和6801。即圆环:(PCV2)猪圆环病毒-2,(StCV)椋鸟圆环病毒,(BatCV)蝙蝠圆环病毒,(DfCyV)蜻蜓圆环病毒。NANOVIRIDAE:香蕉束顶病毒(SCSV),地下三叶草特技病毒。

BLAST搜索和系统发育分析表明,BSL RDHV衣壳蛋白与ssRNA病毒的多部分基因组(SmV-A和PhV-A)和单部分ssRNA的CPs具有同源性Tombusviridae,除了在ssDNA环状病毒、植物感染的纳米病毒和双病毒中发现的衣壳蛋白,这些病毒也编码Rep(图3 b5.).SmV-A和PhV-A病毒在分类上被归类为未分类的noda类病毒。这种评估主要基于rna依赖的rna聚合酶(RdRp)序列,而不是CP [36,显然是从一种类似汤姆斯病毒的祖先那里获得的[24.]。作为甜瓜坏死的斑点病毒和几个其他墓穴被用过真菌载体感染的植物被运输,这可能是一种感染粪便粪便霉菌的多头子SMV-A和PHV-A掺入了编码墓碑状的RNA转录物CP。

图5
图5.

衣壳蛋白(CP)氨基酸序列的BLASTp数据。利用BLASTp对BSL RDHV CP ORF氨基酸序列与相关CP序列进行比较。输出参数显示。如有可能,将指示病毒族名称。(GOS)全球海洋调查(Global Ocean Survey)对端读序列10665和6800。(SmV-A)其macrospora病毒(PhV-A)Plasmopara halstedii.病毒-A。(Harv)Havel River Tombusvirus,(TBSV)番茄级特技病毒,(OCSV)燕麦氯化特技病毒,(MNSV)甜瓜坏死斑点病毒,(SGCV)仙人掌仙人掌病毒,(TCV)萝卜裂解病毒,(CMTV)康乃馨斑点病毒,(rcnmv)红三叶草坏死马赛克病毒,(CRSV)康乃馨繁殖病毒,(STNV)烟草坏死病毒,(SV-MWLMV)玉米白线马赛克病毒病毒(SCSV)地下三叶草特技病毒,(BBTV)Banana Bunchy Top病毒,(HRCTV)辣根卷曲的病毒,(PCV2)猪圆环毒素-2,(STCV)椋鸟昼夜活动,(DFCYV)蜻蜓环豚病毒。

几个Tombusviridae衣壳蛋白的结构已经被解决,包括ssRNA番茄灌木矮缩病毒(TBSV)和甜瓜坏死斑点病毒(MNSV)的tombuss病毒[3738]。这些结构具有特征壳和由短铰链连接的突出(P)域[39]。在s结构域之前的n端区域被称为rna相互作用区域,或R结构域。R结构域允许CP与病毒粒子内部的病毒RNA相互作用,通常被发现是非结构化的,包含基本的、与核酸相互作用的残基[37]。在R和S结构域之间形成连接臂区域(A)形成β-环形结构,该结构将三个CP连接在VIAR中的3倍的对称轴上[40]。CLUSTALW的BSL和相关CP的多个序列对准在每个CP域区域中展示了不同的节约级别(图6.).这些蛋白质的S结构域中发现了最大水平的序列保护[41]。许多人中很多Tombusviridae在S域相互作用区域中还含有钙离子结合基序(DXDXXD)[4243]认为,当它进入植物细胞细胞质的低钙环境时,有助于在病毒[44]。用基序中的天门冬酰胺(N)取代天冬氨酸D155和D157,产生了萝卜皱纹病毒(TCV) CP的钙离子结合缺陷突变体[44]。值得注意的是,BSL RDHV Capsid蛋白中存在非常相同的氨基酸取代(图6.).

图6
图6.

衣壳蛋白(CP)氨基​​酸多序列对准BSL RDHV CP ORF序列(BSL_CAP_ORF)对齐,以使用CLUSTALW设置为MEGA V.5中的默认参数从PSI-BLAST搜索检索的密切相关序列。R,A,S,H和P域区域由序列对准之上的块箭头指示。使用JALVIEW将Clustalw Color Scheme应用于多个对齐。(GOS)全球海洋调查配对结束读取脚手架10665。Nodaviridae样:(PhV-A)Plasmopara halstedii.病毒-A,(SMV-A)其macrospora病毒-A。Tombusviridae:Avenavirus;(OCSV)燕麦褪绿迟缓病毒。Carmoviruses;蜜瓜坏死斑病毒(MNSV)、香石竹斑纹病毒(CMtV)、萝卜皱纹病毒(TCV)。Tombusvirus;(TBSV)番茄矮缩病毒。在比对中使用的氨基酸残基的范围显示在序列名称之后。有可用结构的病毒蛋白质列在蛋白质数据库(PDB)的识别代码后的病毒缩写。

通过将BSL RDHV序列与同源解算结构相结合,评估CP和Rep蛋白的结构相似性。为了证实BSL RDHV CP符合S-P域构型的假设,我们利用MNSV (PDB ID: 2ZAH)和TBSV (PDB ID: 2TBV) CPs的已知结构,对BSL RDHV CP结构进行了线程预测(图)7一个).结构预测的Z分数分别为71.1和54.4(高于10上方的Z分数表示高可靠性模型)。BSL RDHV Capsid蛋白的预测结构高度一致地对SSRNA TBSV和MNSV Tombusviruses中发现的S-P域架构。S结构域是由九个反平行β-股和位于β-2 /β-3和β-4 /β-5链之间的两种反平行β-股和两个α-螺旋组成的规范β-桶果冻折叠折叠[45]。P域位于β-桶形构成,其由8个反平行β-β-转弯组成,铰链和P域之间的附加β-转。P域中没有α-螺旋。BSL RDHV是唯一涉及推定的S-P域架构的DNA病毒,其在SSRNA病毒中仅发现。

图7
图7.

BSL RDHV预测蛋白结构。(一种)BSL RDHV衣壳蛋白的结构分析:BSL RDHV Capsid蛋白单体ORF的残基156-302的预测结构覆盖在番茄伯利特技病毒(PDB ID:2TBV)和甜瓜坏死斑点病毒(PDB ID:2ZAH)衣壳蛋白(未显示后两种).预测的BSL RDHV衣壳由Blosum80的“QRES”尺寸结构配合参数分数,氨基酸序列同一性被彩色编码。(B)BSL RDHV复制酶催化核心的结构分析:预测的BSL RDHV REC核酸酶结构(QRES上色)在银中穿过PCV2 REP(PDB ID:2HW0)。保守的活性位点酪氨酸显示为黄色。

对于BSL REP核酸酶和S3H区域的结构也受到基于圆形SSDNA猪循环核病毒-2(PCV2)REC核酸酶结构域(PDB ID:2HW0,Z-REAST = 128)的高置信度30.] (数字7 b)和乳头瘤病毒E1多聚体螺旋酶域(PDB ID:1Tue,Z-Score = 68)[46]。BSL RDHV Rep的预测核酸酶结构域包含活性位点YxxK基序在α3螺旋,类似于其他病毒的Rep [4748] (数字7 b).BSL RDHV Rep Helicase结构域的预测结构能够适当地组装在网上变成一个完整的六聚体单元(数据未显示)。

由于缺乏可检测的序列相似性,不能提出针对车贴体RDHV ORF-3或ORF-4的功能。如图中所示,ORF-3和ORF-4不是同类型的tombusvirus orf1A

识别其他环境中的类似病毒

为了确定沸泉湖的车sl RDHV是否为特有病毒,或者它是否代表了一个更大的病毒群,我们扫描了环境序列数据库,寻找排列相似的同源CP和Rep序列。研究发现,这两种蛋白质的序列与翻译自全球海洋调查(GOS)的宏基因组DNA序列相似[49]。BSL RDHV Rep蛋白序列与BSL RDHV Rep蛋白序列相似entamoeba.贾第虫属综合绩缺相样序列,可能从病毒或质粒中获得[50)(图234.).

在海洋环境中检测到三种候选BSL RDHV样基因组。虽然许多GOS序列与BSL RDHV CP或REP蛋白类似,但是来自GOS的两个配对末端读取支架含有类似于BSL RDHV(GOS 10665-10666和GOS的基因6800-6801; GI:142008897和GI:134313054)分别)(图 2通过6.).GOS 6800 CP序列被截断,因此没有用于多重比对或系统发育分析,但可用序列足以用于BLASTp比较(图)3 b5.6.).GOS 6801 Rep序列(GI:142008897 / EBA57255.1),虽然与BSL RDHV相似,但也包含一个已知的微小病毒NS1蛋白折叠,该蛋白折叠已在许多海洋宏基因组环状病毒Rep序列中被鉴定[51],可能表明线性(细小病毒)和圆形ssDNA病毒群之间有横向基因交换的历史。马尾藻海的猎枪序列[52还鉴定了(GI:129569619),其含有与BSL RDHV序列类似的REP和CP的连续N和C末端片段,并且处于相同的方向(数据未示出)。这些数据强烈建议,以前未检测到的BSL RDHV样病毒在海洋环境中普遍存在,并且可能在其他环境中找到。

结论

一个解释BSL RDHV及其亲属起源的简单情景是,一个DNA环状病毒样祖细胞通过逆转录和重组从一个ssRNA病毒获得了衣壳蛋白基因。虽然负责病毒间RNA-RNA和DNA-DNA重组的机制已经被很好地描述了[53-57],尚未提出任何机制来解释推断出的病毒间RNA-DNA重组实例[58-60]。任何一个RNA顺反子被转化为DNA然后整合到DNA基因组的例子都可能涉及到逆转录酶(RT)机制。但是,在BSL RDHV中没有RT模块的痕迹。细胞基因组中非逆转录病毒RNA病毒基因的存在[61-66建议存在一些细胞机制,其允许RNA-DNA重组代替病毒衍生的RT。虽然II族内含子复古归巢现象[67[尚未观察到转座子介导的交换以介导的间隔横向基因转移,这些或类似的宿主细胞基机制可以促进形成BSL RDHV样病毒。此外,祖先宿主也必须允许对循环病毒样DNA病毒和植物(或真菌)的SSRNA病毒进行用于间歇性RNA-DNA重组的情况。

随着更多的病毒宏基因组数据的产生和分析,可能会发现更多的RNA和DNA病毒组之间重组的证据。这些发现将突出一个有趣的可能性,即新的病毒群可以通过高度不同的病毒类型之间的重组出现。然而,由于缺乏类似的病毒间RNA-DNA重组的例子,这可能表明这种事件要么是罕见的,要么可能是古老的。

考虑到DNA病毒获取RNA传中心的重组机制是古代的重组机制的可能性,它将对病毒早期演变具有广泛的影响。随着RNA病毒被认为在DNA病毒的出现之前进化地进化地[8.68],确定RNA和DNA病毒之间直接重组的机制可能有助于解决“RNA世界”的基因是如何在公认的“病毒世界”时期首次被纳入新生的DNA基基因组的,从而进一步使RNA世界的病毒向DNA世界过渡[68-71]。无论如何,BSL rdhv样病毒群的发现扩展了病毒进化的模块理论[8.72-74]包括比以前认为更广泛的可能性范围。

方法

宏基因组样品制备

简而言之,通过切向流过滤(TFF)在100kDa的分子量下切向流动过滤(TFF)将来自20升BSL沉淀物的孔水浓缩至30ml。然后用SM噬菌体缓冲液(100mM NaCl,10mM MgCl,浓缩物中的天然孔水2和50毫米Tris-Base,调整到pH 7.0)使用TFF到30ml的最终体积。病毒浓缩物被分成两份15毫升的等份。将其中一个15 mL浓缩物离心30分钟。为了去除微生物和孢子。然后对上清液进行DNA酶处理以去除外来DNA。在10% SDS和20 mg/mL蛋白酶k的处理下,破坏了溶液中病毒大小的颗粒,并将1:15体积的CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)/NaCl溶液(0.125 g/mL CTAB (2 M NaCl))添加到消化中,以减少溶解的纤维素物质。在苯酚-氯仿-异戊醇(25:24:1)提取之后,用0.6体积−20°C异丙醇从水层中沉淀DNA。用515f /1492R通用16S rRNA基因引物对得到的DNA进行微生物DNA污染检测[75]。测定样品的微生物污染过高,不能用于偏见测序(未显示数据)。使用上述方法在DNA提取之前,使用Minisart 200nm孔SFCA注射器(Sartorius-Stedim Biotech)过滤剩余的15mL BSL病毒浓缩物。DNA从病毒尺寸的颗粒中提取(用ϕ29聚合酶扩增[76(genome phi v2, GE医疗生命科学)。所得到的DNA用16S rRNA基因PCR检测微生物DNA污染,如上所述,结果发现几乎没有微生物DNA。作为戈登和贝蒂·摩尔基金会海洋微生物计划的一部分,布罗德研究所使用罗氏454 FLX钛试剂对BSL DNA样本进行了测序[77]。

生物信息学分析

tBLASTx分析[78] 的加利福尼亚州。使用MG-RAST检测38万个宏基因组序列[79]表明存在ssRNA病毒序列。使用CAMERA中的元装配工作流组装Contigs [80]。

重复的末端序列显示为环状基因组。运用ϕ29聚合酶扩增来确定圆性并排除人工嵌合体形成[8182用ϕ29聚合酶法扩增未应用于高通量测序的BSL DNA样本的病毒全基因组。反向和正向引物(5 ' -CCTATTGGTGAGCTGTGGGTTGA-3 '和5 ' -GTATCGCGTAACTTTAAGGAAACCG-3 ')扩增完整的环状基因组。反PCR引物的延伸来源于衣壳蛋白ORF。用Phire聚合酶(Finnzymes)[98°C, 30秒]扩增4089核苷酸病毒基因组。初始变性,随后是8个周期的着陆阶段;98°C, 5秒。变性,72°C到65°C, 5秒。退火降低1°C/循环,72°C延长1.5分钟。然后是25个周期的放大;98°C, 5秒。 denaturation, 65°C, 5 sec. annealing, 72°C, 1.5 min. extension, followed by a final 72°C extension for 3 min.] The whole-genome PCR product was cloned into pCR-TOPO-Blunt (Invitrogen) using the manufacturer’s instructions. Plasmid DNA was used for Sanger sequencing. The BSL RDHV genome sequence has been submitted to GenBank: accession number JN900499.

高度保守的DNA茎环(图1B.),采用Mfold v4.6核酸折叠和杂交web服务器,采用默认设置70°C [83]。使用Mold、Protozoan和Coelentrate密码子表预测orf,通过NCBI nr/nt和env数据库的两次PSI-BLAST搜索迭代,使用默认参数(阈值= 0.005)检索相关病毒序列。不相关的Microviridae手动选择Rep序列以进行比较。将CP和REP ORF与使用BLASTP的选定序列进行比较,以准备BLOGKTP表(图 25.).

将542个氨基酸的BSL RDHV衣壳蛋白ORF序列与MEGA v.5中使用默认参数的ClustalW从PSI-BLAST搜索中检索到的密切相关序列进行比对[84](双线对齐:间隙拉开罚= 10,间隙扩大罚= 0.1。多重对齐:间隙张开惩罚= 10,间隙扩展惩罚= 0.2。蛋白质重量矩阵= Gonnet。延迟发散截止= 30%),然后手工细化。系统发育树采用Neighbor-Joining方法进行推断[85]通过应用1000个重复的引导测试[86]。418个氨基酸复制酶ORF序列和系统发育树的比对参数与CP比对相同。CP和Rep ClustalW多序列比对图都是使用Jalview编写的[87]。

使用InterProScan对每个ORF进行分析[8889]在每个ORF内定位保守的蛋白质结构域。首先通过使用CPH模型服务器穿线来预测三级蛋白质结构[90,自动选择一个合适的溶解蛋白结构作为支架。使用EsyPred3D确定和细化结构预测[91],通过手动进入蛋白质数据库(PDB)结构支架。将BSL病毒蛋白的结构预测与MultiSeSQ应用程序进行比较以解决晶体结构[92]在VMD [93)(图7一个7 b).

作者的信息

评论者的报告

审稿人的报告1:Eugene Koonin博士(美国生物技术信息中心)

这是一个真正令人兴奋的论文,报道了一种完全意外的实体的发现,是与圆锥病毒相关的SSDNA病毒之间的表观杂交和与墓象病毒相关的RNA病毒。这一发现对两个层面非常兴趣。首先,了解我的知识,在RNA和DNA病毒之间这样的嵌合体 - 不仅仅是这些特定的家庭,而且一般 - 从未观察过。当然,在病毒世界中有许多混合和匹配的例子,但以某种方式迄今为止被限制在相同类型的核酸。其次,这项工作突出了病毒学中发现的新途径 - 偏见性路径。这实际上是一个钓鱼探险,其所有优点和缺点。主要优势是能够发现即使在低丰富的情况下发现的所有内容,而不需要艰苦的病毒和宿主的病毒和宿主的程序。但是,这里也是梅蛋白的严重限制:宿主也不是严格来说,病毒被确定为常规的微生物学和病毒学标准。在任何一种情况下,但大多数特别是当发现奇异的奇美拉时,表现出令人信服的序列确实是病毒基因组而不是一些装配人工制品或嵌合克隆至关重要。我认为这在本文中以令人满意的方式在独立的环境样本中的反相PCR完成。 So I believe this is a real virus. Moreover, it is remarkable that the closest homologues of both the Rep protein and the capsid protein were detected in other metagenomic samples, those from the GOS. It is extremely intriguing whether these represent the same kind of chimeric genomes or the proposed RNA-DNA recombination event is relatively recent, and these neighbors are the closest relatives from the respective families of RNA and DNA viruses. With the genome of BSL-RDHV released, this should not be too hard to test. In a more general plane, one cannot help wondering how many of such unexpected wonders of the virus world await in all kinds of environments, and more practically, are the criteria for recognizing a new virus are going to change any time soon.

我对这份报纸有一些小问题。-标题可能有点误导,因为“进化链”似乎暗示ssDNA病毒是从ssRNA病毒进化而来的,反之亦然。我建议在标题中提到嵌合基因组。

作者的回应:标题已修改。

  • 我对图中用于构建树的方法(“粗聚类分枝图”)感到惊讶3.。为什么使用这种原油方法而不是常规最大似然方法(RAXML),也许甚至也许是贝叶斯方法?并不是因为我预计结果会显着变化,但新病毒是有趣的,不寻常的足以投入合理的努力,使系统发育分析尽可能稳健。

作者的回应本节已修订,并提出了更广泛的比对和系统发育分析(图)3.4.6.).

  • 我发现强调BSL-RDHV明显是环状ssDNA病毒和ssRNA tombusvirus之间基因组组织的相似性是相当奇怪的。与圆环病毒的相似不是更直接吗?对我来说,这看起来像一种环状病毒衣壳蛋白被一种类似汤伯斯的病毒取代了。

作者的回应:这已在整个文本中进行了修改。然而,我们发现基因组排列与大多数术血管病毒有突出不同,因此已经保留了图1

评论家的报告2:Mart Krupovic博士(由Patrick Forterre博士提名)(法国巴斯德研究所):

Diemer和Stedman报告了一个假定的病毒基因组的特征,该基因组是在对沸泉湖收集的病毒样本进行宏基因组分析过程中获得的。假定的病毒基因组(BSL-RDHV)编码四种蛋白质,其中两种与以前特征病毒的蛋白质序列相似。其中一种蛋白与典型的超家族II滚动循环复制起始蛋白有关,这种蛋白大量存在于DNA病毒和质粒中。引人注目的是,另一种与真核二十面体阳性RNA病毒的衣壳蛋白最相似。观察发现,两种关键病毒功能的基因——病毒粒子形成和基因组复制——显然来自于不相关的RNA和DNA病毒/复制子,从而形成新的嵌合病毒实体,这令人兴奋,尽管并非完全新颖(见下文)。这篇论文的发现不仅极大地促进了我们对病毒圈遗传多样性的理解,而且对新病毒类型出现的潜在机制的理解。因此,我认为这篇论文绝对值得发表。但是,手稿的一些部分仍然可以改进,具体如下。

背景:这一部分由五条线组成,赞扬了偏心神经论在研究病毒演变中的有用性,其次是几段,类似结果而不是引言。鉴于论文是关于病毒演化的事实,背景部分可以提供有关当前假设的一些信息,以及其进化的机制。这将使读者更加全面地理解结果表明的结果部分的重要性作者可能会发现关于这一主题的最新评论(Koonin和Dolja,2011; Krupovic等,2011; 2009年福特雷和佛兰蒂夫利).Dolja VV,KOONIN EV:常见的起源和植物和动物病毒患者依赖多样性。CurrOgin Virol 2011,1(5):322-31。关键词:原核病毒,细菌,古病毒,基因组学,原核病毒Microbiol Mol Biol Rev 2011,75(4):610-35。Forterre P,Prangishvili D:病毒的起源。Res Microbiol 2009,160(7):466-72。

作者的回应这一节已作了广泛的修订。

I.衣壳蛋白:相似的BSL-RDHV衣壳蛋白的RNA病毒似乎是非常重要的(特别是其macrospora病毒的CP)。然而,相似仅限于域S和P的RNA病毒CPs,只涵盖的中部地区BSL-RDHV衣壳蛋白(残留156 - 302)。BSL-RDHV是542 aa。作者能否评论一下BSL-RDHV CP的N-和c -端区域,这些区域在图S1中没有显示出来?

作者的回应:我们已经修改了文本来讨论这些方面,并包括了BLASTp命中和广泛对齐表(图2-6.).

这些区域与数据库中的蛋白质序列相似吗?它们预测的二级结构是什么?它们有可能折叠成独立的功能域吗?这如何影响衣壳的形成?此外,作者还需要进一步了解大孢霉疫霉病毒A (SmV-A)和halstedii Plasmopara virus A (PhV-A),这两种病毒与BSL-RDHV的CP序列相似性最高。仅仅说明它们是未分类的ssRNA病毒是不够的。例如,SmV-A和PhV-A的宿主范围是什么(如果已知),这些病毒和坦布斯病毒之间的基因组关系是什么,等等。

作者的回应:本节也经过修订,我们希望这项工作能够刺激对研究的SMV-A和PHV-A病毒的研究,因为它们还可以深入了解BSL RDHV样病毒基因组的形成机制。

也许这一信息可以为我们提供一些关于BSL-RDHV起源的线索?S-P结构域组织并不是典型的二十面体(+)ssRNA病毒。关于这种CP结构在RNA病毒中有多普遍的信息将是非常有趣的。它只存在于Tombusviridae和一些未分类的病毒中吗?

作者的回应:这种S-P构型只有在Tombusviridae的“类carmovirus”群中由x射线晶体学已知和证明。

从比对(图S1)可以看出,BSL-RDHV和tombusv之间的S域更加保守。当BSL-RDHV CP仅与SmV-A和PhV-A比较时,是否也同样适用?

作者的回应如上文所述,这一节已作了相当大的修改。

此外,正如作者在第5页所述,S-P组织不称为“双果冻卷结构”。双果冻卷折叠存在于多种dsDNA病毒中,结构上与tombusvirus的CP有很大不同(Krupovic and Bamford, 2008)。病毒进化:双贝塔桶病毒谱系延伸到什么程度?微生物学杂志,2008,6(12):941 - 948。

作者的回应:这已被纠正

另外,图中CP模型的Qres着色2不是很有意义就可以被淘汰。

作者的回应我们发现,由于序列比对没有表明CP蛋白的P域氨基酸序列高度相似,结构评估可以更好地证实tombusvirus的BSL和s -P型CP蛋白的病毒间转移和同源性。在Qres评分中,结构的一致性在整个结构上得到了最好的体现。

2Rep蛋白:作者可以简单介绍滚动循环复制起始蛋白(RCR Reps)。RCR repps包含三个保守的基序(不仅仅是活性位点Tyr): Ilyina TV, Koonin EV:由真核生物、真核生物和古细菌的不同复制子编码的用于滚动循环DNA复制的启动蛋白中的保守序列基序。中国生物防治学报,1999,15(1):1 - 5。这三个主题都保存在BSL-RDHV中吗?图S2显示了来自BSL-RDHV和PCV2的RCR repps的核酸酶结构域的比对(顺便说一下,图例与此图不对应)。可以比较一组更广泛的RCR rep(不仅是核酸酶,也包括解旋酶结构域)。

作者的回应:见修订后的数字6.

此外,在Rep基因之前有一个茎环的事实并不一定意味着BSL-RDHV基因组在病毒粒子中的单链性质(第6页,第二段)。dsDNA病毒也使用RCR rep进行复制(例如,皮质病毒PM2)。

作者的回应虽然它并没有完全排除BSL RDHV病毒在病毒中的双链基因组,茎环,与PCV rep的序列相似性的可能性,并且REP结构评估都强烈表示单股循环血症类基因组和复制循环。直到可以生产生长和提取的DNA进行分析,这不能明确地显示。正在进行检测BSL样品中SSDNA的实验。此外,检测到BSL /圆环和PM2次数之间的可检测序列相似性,并且在BSL和PM2复制的起源之间未检测到核酸序列相似性,表明BSL病毒不太可能与PM2皮质管病毒有关。

3树:我建议替换粗聚类树(图3.)具有相应的对齐,因为这种树木不是非常有意义的。数字3显示BSL-RDHV,TOMBUSVIRUSES,卫星病毒,GEMINIVIRUSES和纳米病毒的CP树。作者称,BSL-RDHV簇与墓穴病毒,“排除在SSDNA植物感染病毒中发现的衣壳蛋白质也被编码”。这些其他蛋白质没有任何一种(结构上可用的信息)具有S和P域,而关于纳米病毒CP的信息根本无法获得。因此,毫无意义地穿上可能甚至没有同源的同一树蛋白质。同样为数字3 b,显示RCR Reps的树 - 微血管病毒和循环血管族代表之间的相似性被限制在核酸酶结构域的三个基序(微血管克斯也没有螺旋酶结构域)。应组合补充文件2(BLAST分数)和3(登录号)。如果作者可以使用成对标识值补充表格,它也是有用的。

作者的回应如这已经做了。

结论:“...... RNA-DNA重组仅被推断出来”:可能在此提及,最近在各种真核宿主的基因组中发现了许多RNA病毒基因组(来自不同的家族),这表明RNA-DNA重组可能是不像以前相信的那样罕见。

作者的回应:已添加,请查看作者对Reviewer 3的回复。

作者指出,“在合并感染过程中,衣壳基因的横向转移发生在ssRNA卫星病毒的祖先和环状、ssDNA双病毒或纳米病毒之间[32)”。然而,我们在参考文献[32双病毒是通过从植物感染的RNA病毒中获取衣壳编码基因而产生于植物病原细菌(植物原体)的质粒,即两个不相关的DNA(质粒)和RNA(病毒)复制子发生重组,产生一种新的元件——双病毒的前身。“ssRNA卫星病毒衣壳蛋白只在大的、特征明确的双病毒科和纳米病毒科的ssDNA基因组中发现”的说法也不被支持:(i)没有证据表明纳米病毒的CP采用果冻卷折叠(即使这可能是真的),(ii)在DNA病毒中,这种折叠并不局限于双病毒,因为它也见于细小病毒和微病毒(和某些dsDNA病毒)的CP中,(iii)最重要的是,单一的果冻卷折叠在RNA基因组(12个不同的科!)的病毒中最普遍。“ssRNA卫星病毒很可能从双子病毒和纳米病毒获得衣壳蛋白”的说法是没有根据的。“卫星病毒、双子病毒和纳米病毒常常同时感染同一宿主”这一事实本身并不能证明,特别是考虑到ssRNA卫星病毒合并感染的主要伙伴是其他ssRNA病毒(带有果冻卷CPs)。

作者的回应:由于Krupovic等人的声明,我们选择删除这个特殊的例子作为病毒间RNA-DNA重组的可能先例。尚未得到证实。我们一致认为,果冻卷折叠本身可能起源于RNA病毒,CP基因系统发生表明RNA卫星病毒、DNA双子病毒和纳米病毒CPs之间有共同的祖先。然而,我们发现gemini-和nanovirus CPs是最近直接从RNA类卫星病毒中获得的论断是推测性的。虽然研究果冻卷折叠的进化轨迹和确定其在DNA病毒群中的最终起源无疑是一个有趣的前景,但这样的努力超出了本报告的范围。

作者更倾向于“衣壳基因从一种ssRNA病毒转移到一种假定的RDHV家族前身的ssDNA病毒”。然而,作者能否确定RDHV祖先的起源是一种病毒而不是质粒?原则上,tombusvirus样衣壳基因的受体可能是任何一种带有环状病毒样RCR rep的复制子(例如质粒)。此外,质粒也可能是环状病毒的起源,正如我们之前指出的。

作者的回应:BSL Rep蛋白序列与质粒代表相比很少,同时展示与循环病毒类似的代表具有实质性相似之处。除非还有其他具有循环病毒的代表的无表征性质粒,则数据表明重组更可能发生重组循环血症类基因组。虽然可以想象源极端源自质粒,但BSL RDHV批量,CP和其他相关蛋白之间的低水平序列分歧表明最近已经通过已经循环血症的祖先进行了CP蛋白的收购。替代假设需要BSL和Tombusvirus样CP的会聚演化,我们认为非常不可能。

结论的最后一段:在我看来,这篇论文中提出的观察表明病毒正在从rna世界向DNA世界过渡是一种夸张的说法。

作者的回应为明确起见,结论的这一节已作了修改,但我们想确认我们在这个问题上的不同意见。

然而,我当然同意,这些发现“扩展了病毒进化的模块理论,以包含更广泛的可能性”。我还发现,这种嵌合病毒的有趣之处在于,它们的发现可能如何影响我们对病毒起源时间线的看法,以及我们设计更高层次病毒分类的尝试。人们通常认为,病毒大约在同一时间出现,甚至在细胞生物体出现之前出现,而新病毒群可能在当代生物圈中出现的可能性却很少被讨论。基于Koonin和Ilyina(1992)的假设,我们认为双病毒可能代表了这样一组“新”病毒[32]。Koonin EV, Ilyina TV:双病毒复制蛋白与原核质粒滚环DNA复制起始蛋白有关。J Gen病毒1992,73:2763 - 6。RDHV可能是一个更令人信服的例子,支持从现有的可移动遗传成分(病毒和质粒)中不断出现的新病毒群。

作者的回应我们非常同意您的评价。

对于更高阶的病毒分类,我个人倾向于衣壳中心的观点(Krupovic和Bamford, 2009, 2010),根据该观点,病毒粒子结构的决定因素在给定的病毒群中继承自其共同的祖先,而其他功能模块的遗传决定因素(例如,对于基因组复制蛋白)相对自由地进出这些病毒基因组。换句话说,功能模块的运动发生相对于衣壳编码基因。病毒聚合酶的进化是否反映了病毒的起源和进化?微生物学学报,2009,7(3):250。Krupovic M, Bamford DH:病毒宇宙的秩序。病毒学杂志2010,84(24):12476-9。相反,根据另一种思路,在考虑病毒之间的关系时,病毒基因组中的不同功能模块应得到同等的权重:Koonin EV、Wolf YI、Nagasaki K、Dolja VV:病毒世界的复杂性。微生物学学报,2009,7(3):250。病毒分类学的混乱:基因交换和表型方法的失败。 J Bacteriol 2002, 184(17):4891–905. Therefore, depending on the viewpoint, RDHV can be considered as a relative of tombusviruses, which had its original genome replication machinery (RdRp) replaced with a gene for RCR Rep. On the other hand, it might also be seen as a circovirus in which the ancestral CP gene was replaced by a gene from a tombusvirus. What do the authors think about classification (and affiliation to the existing viral taxa) of RDHV and other chimeric viruses, which are likely to be discovered in the future?

作者的回应这些观点非常有趣,值得考虑,这篇评论非常值得赞赏。首先,宏基因组学的继续使用有望对目前的病毒分类学方案产生显著影响。我们可能只能猜测车兔瘟病毒及其相关病毒对这些分类框架的影响。第二,这个关于Rep和CP模块的轨迹的问题引出了一个关于线性和圆形ssDNA病毒起源的重要问题。BSL类rdhv基因组不太可能是从含有rdrp的RNA病毒逐步进化而来的。然而,线性和圆形ssDNA病毒首先以这种方式从ssRNA病毒进化而来,首先通过转化为DNA,然后通过获得一个RCRE结构域(Rep S3H结构域也来自于RNA病毒),而不是通过模块交换出现的,这当然是一个非常值得研究的话题。

评论家的报告3:阿卡迪·穆立利安博士(美国堪萨斯州医学院大学)

The manuscript by Diemer and Stedman reports the existence of the new virus, characterized by circular single-strand DNA genome and a novel configuration of two genes, i.e., 1. nanovirus- or circovirus-like replication protein with the usual predicted DNA-nicking and NTPase domains and 2. the jelly-roll capsid protein clearly related to capsid proteins of positive-strand RNA viruses (tombusvirudae) and two unclassified RNA viruses of fungi. The experiments indicate that the metagenomic sample from the hot lake contains the full circular genome, and that similar genomes most likely exist in the ocean samples (in that case, their circular form was not shown, but most likely will be). This is a fascinating discovery of a novel virus group, suggesting the ancient act of exchange of genetic material between RNA and DNA virus genomes. I fully support the publication of this study, but must request that some of the more sweeping statements in the paper are moderated, in order to better agree with the evidence. Abstract: “little is known about their collective origin and evolutionary history” --- see next comment. Ibid. “it is not currently possible to determine whether the principal virus groups arose independently, or whether they have a shared evolutionary history” --- the hypothesis that RNA viruses arose before the advent of DNA genomes, when the protein-encoding genomes were made of RNA, is not unreasonable. This would argue for the independent, or at least separate in time, origins of DNA and RNA virus genomes. Therefore, the word 'collective' in the first sentence is doing some heavy lifting that it probably should not. On the other hand, retro-transcribing viruses and RNA viruses seem to satisfy anyone's definition of two 'principal virus groups', and yet there is plenty of evidence that they have a shared evolutionary history, at least in their replication enzyme.

作者的回应这一节已作了广泛的修订。

同上,“还没有确定RNA-DNA重组的机制”——那么II组内含子的回归如何?

作者的回应:根据Mushegian和Krupovic的建议,结论部分增加了以下段落:“细胞基因组中非逆转录病毒RNA基因的存在[61-66建议存在一些细胞机制,其允许RNA-DNA重组代替病毒衍生的RT。虽然II族内含子复古归巢现象[67[尚未观察到转座子介导的交换,以介导的间隔横向基因转移,这些或类似的宿主细胞基机制可能促进了BSL RDHV样病毒的形成。“

P.5:绰号“RNA-DNA杂交病毒”(RDHV)必须走。这是一种彻底的误导性的名称。作者展示了具有单链DNA基因组的循环病毒样或纳米病毒样病毒的丰富证据,该病毒在过去,已经从RNA病毒中获得了衣壳蛋白。尽管如此,它现在是一种DNA病毒。甚至甚至不是那种马赛克的第一个例子 - Bl1 / BC1蛋白质的二分型Geminiviruses类似于植物RNA病毒的30K家族运动蛋白质,但没有人称之为二分钟的Geminivuses“DNA-RNA病毒”。酵母病毒的RNA基因组编码细胞HSP70蛋白的同源物,但这些病毒也不是RNA-DNA病毒。描述性的名称,如“沸腾的春天湖病毒1”或某种东西应该做得很好。请注意,这种反对“RDHV”不是命名战,而是旨在将分子记录直接设定。

作者的回应:蒙太克“RDHV”在文本中提到临时。我们觉得至少暂时保证这种新病毒基因组类型的简洁描述性名称。其他可想到的名称似乎不足以描述一种新颖的,并且可能是广泛的病毒组及其血统,并且会显着令人困惑或过于复杂(例如,“Sargasso Sea的沸腾泉水湖病毒”)。我们完全同意发现的基因组代表了DNA病毒。一旦我们确定了病毒的主机和/或结构,我们将通过ICTV提出分类学合适的名称(并让命名战争愤怒)。

P.5及更高版本:我相信,关于“RDHV”衣壳蛋白和墓病毒的进化相关性存在简单的序列相似性。我可以通过PSI-BLAST和HHPRED方法获得前者和后者之间的统计上的显着相似性。我建议作者做同样的事情。相反,我们正在读取“BSL RDHV衣壳蛋白的预测结构是由SSRNA番茄级特技(TBSV)和甜点墓穴(MNSV)墓穴中发现的S-P域双果冻辊结构一致[12.13.]。基于BLOSUM80的三个蛋白质之间的氨基酸序列是中度保守的[14.,而百分比序列标识是低的(图2)(见其他人物1对于对齐)。“这是模糊的:如果序列相似性/数据库搜索统计参数(与序列标识不同!)不足以建立进化的显着相似性,那么没有基础的线程和结构建模;如果使用序列 - 相似性参数,为什么不这么说?

作者的回应:这一节已经被广泛地修改和添加了图(图2-6.).

p。7:“最具宽松的情景”---比其他情景更加解释?

作者的回应本节也作了订正。见致Krupovic的关于线性和圆形ssDNA病毒起源的答复。

第7-8页:几次提到卫星RNA病毒似乎不合时宜——tombusvirus不是卫星病毒,真菌病毒也没有在论文中讨论?

作者的回应:这些参考文献已被澄清。

第8-9页:(论文最后一段)“假设RNA病毒进化先于所有DNA病毒群体[3334]从RNA转移到DNA病毒的基因转移的证据补充了RNA第一理论[35]。——我不明白这是什么意思。首先,如果我们假设RNA病毒在进化上先于所有DNA病毒群,那么我们就可以部分回答《摘要》(见上文)中提到的目前不可能回答的问题。第二,“补充”或多或少意味着提供一个缺失的部分或一个额外的,相容的论点,对吗?我不确定这项研究中描述的病毒与RNA病毒比DNA病毒的进化优先级有什么关系:当然,为了这种病毒的出现,RNA病毒和DNA病毒必须已经存在?

作者的回应:此最终段落已修改和澄清。

缩写

声波测井:

煮沸的弹簧湖

CP:

衣壳蛋白

ds:

双搁浅

戈斯:

全球海洋调查

子:

开放阅读框架

PDB:

蛋白质数据库

RCRE:

滚动圈复制酶内切核酸酶

RdRp:

RNA依赖性RNA聚合酶

代表:

复制酶

RT:

逆转录/转录酶

ss:

单链

S3H:

超食用 - 3螺旋酶

TFF:

切向流过滤。

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确认和资金

我们要感谢Valerian Dolja和Susan Masta的批判阅读稿件准备提交。沸腾的泉水湖微生物天文台项目得到国家科学基金会拨款MCB0702020的支持。通过国家公园服务的研究许可获得样本(Lavo-2008-SCI-0030)。通过授予广泛的研究所,戈登和贝蒂摩尔基金会部分资助了Metagenomic测序。样品Gair4和GNX3R在广泛的研究所测序。

作者信息

隶属关系

作者

通讯作者

对应到肯尼斯·M Stedman

附加信息

利益争夺

作者们宣称他们没有相互竞争的利益。

作者的贡献

GSD起草了原稿,开始研究BSL RDHV数据,制备BSL偏心组织样品,进行实验和分析,以及制备的数字。KMS进行了单独的核制性分析,启动和监督项目,获得了所有必要的拨款,许可证和资源,并编辑了稿件。所有作者在提交之前读到并批准了稿件的最终草案。

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权利和权限

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关于这篇文章

引用这篇文章

一个在极端环境下发现的新病毒基因组表明,不相关的RNA和DNA病毒群之间发生了重组。杂志直接7,13(2012)。https://doi.org/10.1186/1745-6150-7-13

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关键字

  • 非逆转录病毒RNA病毒整合
  • RNA-DNA重组
  • 病毒偏心组合
  • Metaviromics
  • 病毒生态学
  • 病毒多样性
  • 病毒演化的模块化理论
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  • RNA世界
  • DNA的世界
  • 病毒世界